萝卜LIM基因家族生物信息学及表达分析

作者：孙继峰; 宋倩; 徐立功; 周陆红; 谭金霞; 李萌; 杨晓东; 宋银行; 韩太利

来源：分子植物育种, 2020, 1-11.

• 萝卜
• LIM基因家族
• 生物信息学
• 表达分析

为明确LIM家族基因在萝卜小孢子胚胎发生诱导中的表达特性，在萝卜全基因组中鉴定LIM，通过分析理化性质、基因及蛋白结构、基因进化和表达模式，为研究和利用萝卜LIM提供理论依据。共鉴定到12个萝卜LIM家族成员，包含189～320个不等的氨基酸。亚细胞定位结果显示，RsLIM蛋白在细胞核中均有分布，部分在高尔基体中也有分布。启动子顺式作用元件分析表明，RsLIM启动子回应光、激素诱导的元件最多。基因结构分析表明，RsLIM中外显子数为3～10个，结构域分析表明，RsLIM蛋白中除RsLIM2外，均具有2个LIM结构域。根据聚类分析结果可将RsLIM分为3组。染色体定位结果显示，RsLIM分布在萝卜9条染色体中的6条，且呈不均匀分布。转录组数据表明，12个RsLIM基因在不同组织中的表达具有明显差异，显著分为2类。游离小孢子不同预处理的实时荧光定量PCR结果显示，12个RsLIM对不同预处理的反应效果不同，低温诱导促进多数基因表达，高温诱导抑制多数基因的表达，RsLIM基因家族具有一定的表达特异性。本研究为萝卜LIM基因家族的功能分析提供了依据。

• 单位
  江西省赣南科学院; 山东省潍坊市农业科学院