高校办学自主权是我国高校建设和改革中的一个热点问题。中华人民共和国成立以来,办学自主权的运行受政校关系直接影响,在执政党对社会各项事务的领导下,呈现阶段性特征。本文溯源各历史阶段我国政校关系运行的相关性表现,按照办学自主权的自主性及受外部控制的程度,划分出不同阶段来揭示高校办学自主权运行逻辑。自主办学应理顺三个关系的协调,即与国家治理现代化的关系协调,与政府职能转变之间的关系协调,与高校自主办学供给侧的关系协调。