自身免疫性甲状腺疾病是最常见的器官特异性自身免疫性疾病，常与其他自身免疫性疾病共患，既有系统性自身免疫病，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征等，也有器官特异性自身免疫病，如1型糖尿病。自身免疫性甲状腺疾病与这些疾病之间有共同的遗传背景及诱发因素、相似的免疫机制及组织学特征。自身免疫性甲状腺疾病与其他自身免疫病共患时，疾病严重程度、活动度及预后均发生变化，它们之间可能存在因果关系，还需要更深入的研究来证实。
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