8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

作者：周泷; 康润敏; 张毅; 谢波; 于吉锋; 李春; 张斌; 汤承; 王红宁^*

来源：畜牧兽医学报, 2020, 51(06): 1382-1390.

• 猪繁殖与呼吸综合征病毒
• 病毒分离鉴定
• 全基因组
• 缺失
• 重组

本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016—2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析。结果显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010～15 321 nt,毒株间相似性为80.9%～91.7%。NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失。其中,GZgy17表现为"1+19+29 aa"新型缺失模式。ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失。遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系(Lineage)间的重组方式,分别如下:1) SCnj16:L8+L1; 2) SCxyz17:L1+L5; 3) SCya18:L1+L3; 4) GZgy17:L8+L3; 5) SCcd17和SCN17:L1+L8+L5; 6) SCcd16和SCya17:L1+L8+L3。本研究结果表明,我国四川、贵州地区不仅有多种谱系PRRSV毒株并存,其基因组还出现了复杂的遗传重组现象,具有上述复杂基因组的PRRSV毒株在我国的流行状况值得高度关注。

• 单位
  四川省畜牧科学研究院; 生命科学学院; 四川大学; 西南民族大学; 四川省动物疫病预防控制中心