猪TRIM38基因的克隆与序列分析

作者：雷思睿; 张益诚; 赵孟孟^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2023, (21): 61-131.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2023.01.0122

• 猪TRIM38基因
• 克隆
• 进化树
• 序列分析
• 生物信息学分析

为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38, TRIM38)基因，并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测，试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因，并将其连接至pMD-18T载体上；采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学功能。结果表明：猪TRIM38基因序列长度为1 398 bp。大白猪TRIM38基因的核苷酸序列与欧亚野猪的相似性为100%,亲缘关系最近，为同一物种；与非洲跳鼠的相似性为70.1%,亲缘关系最远。猪TRIM38基因编码的蛋白质由465个氨基酸分子组成，分子量为32.27 ku,理论等电点(pI)为6.18,呈酸性。平均亲水系数(GRAVY)为-0.502,不稳定系数为60.89,是一种不稳定的亲水性蛋白质；猪TRIM38蛋白具有26个磷酸化位点，并含有16个糖基化位点。大白猪TRIM38蛋白主要存在于细胞核中；该蛋白无信号肽，不属于分泌蛋白且为膜外蛋白；猪TRIM38蛋白二级结构主要以α-螺旋为主，三级结构与二级结构相符。说明TRIM38基因可以调控PRRSV的复制。

• 单位
  佛山科学技术学院