野骆驼基因组密码子偏好性分析

作者：赵禹^*; 赵如莉; 郜原

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(02): 429-439.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.02.001

• 野骆驼
• 遗传密码
• 密码子偏好性
• 自然选择
• 突变压力

【目的】密码子使用的偏好性普遍存在于几乎所有物种基因组中。试验旨在探究野骆驼(Camelus ferus)基因组密码子的使用偏好性和影响因素，为骆驼基因组研究和密码子优化提供依据。【方法】以野骆驼全基因组数据为材料，通过生物信息学、ENC-plot绘图、Neutrality-plot绘图和PR2-plot绘图等多种分析方法，对野骆驼蛋白质编码基因密码子的使用特性和影响因素进行分析，并与其他动物基因组的密码子偏好性进行比较研究。【结果】野骆驼基因组编码区的GC含量高于AT含量，密码子末位碱基较偏好以G/C结尾。相对同义密码子使用度(RSCU)>1的有29个密码子，其中14个以C结尾，9个以G结尾。ENC-plot、Neutrality-plot和PR2-plot绘图分析结果表明，野骆驼基因组密码子的使用情况受自然选择和突变的双重影响，主要因素是自然选择。确定了15个主要以C或G结尾的最优密码子，分别为AUC、GGC、CUG、GUG、GCC、UCC、CCC、AGA、ACC、UAC、CAC、AGC、UUG、CAG和CGG。野骆驼与单峰驼、小鼠的密码子使用偏好性较为接近。【结论】野骆驼基因组密码子的使用情况受自然选择和突变的双重影响，导致密码子偏好性的主要因素为自然选择。研究结果可为野骆驼遗传种质资源保护和利用、基因工程、异源基因高效表达提供参考。

• 单位
  生命科学技术学院; 甘肃农业大学