食管癌化疗耐药相关基因的初步筛选及其临床意义

作者：南鹏; 李春晓; 孙芳洲; 窦娜; 郭建宾; 王海娟^*

来源：解放军医学杂志, 2019, 44(03): 222-227.

• 食管癌
• 耐药
• 受体蛋白酪氨酸激酶信号通路
• FGR基因

目的初步筛选食管癌细胞中的耐药相关基因,分析其与食管癌患者预后不良的相关性,探讨其调控食管癌耐药的潜在机制。方法分析GDSC数据库中收录的食管癌细胞系对药物敏感性的数据,筛选出同时对顺铂和多西他赛相对敏感或耐药的细胞系;借助R语言edgeR软件包,以log2(变化倍数)大于1或小于–1且P<0.05为筛选标准,对两组细胞系转录组数据进行差异表达基因分析;选择在耐药组中相对高表达的基因进行GO生物学过程富集聚类分析,了解其可能调控的与耐药相关的信号通路;结合文献报道,获得新的可能与化疗耐药相关的基因。在食管癌患者肿瘤组织的转录组数据中分析所获得的基因的表达水平与患者临床病理特征及预后的相关性,最终通过STRING数据库在线预测与筛选获得的基因表达产物互作的蛋白,分析其发挥作用的潜在机制。结果初步筛选获得同时对顺铂和多西他赛相对耐药和敏感的食管癌细胞系各5株;分析耐药和敏感两组细胞系的转录组数据,最终共筛选获得1097个差异表达基因,包括在耐药组中高表达的基因532个、低表达的基因565个。将耐药组高表达的基因进行GO富集分析,发现受体蛋白酪氨酸激酶通路被显著富集,该通路中的差异表达基因FGR的表达水平与临床食管癌患者肿瘤T分期(P=0.021)、临床分期(P=0.007)及预后(P=0.0021)显著相关。蛋白相互作用分析表明,FGR与多个蛋白直接或间接互作,FGR可能主要以激酶的形式发挥作用。结论受体蛋白酪氨酸激酶通路与食管癌细胞耐药显著相关,该信号通路中的FGR基因表达水平与食管癌患者的临床病理分期及预后显著相关,其可能通过磷酸化下游靶蛋白进而调控食管癌细胞的耐药。

• 单位
  中国医学科学院北京协和医学院; 分子肿瘤学国家重点实验室