牛miR-504靶基因对奶牛乳房炎调控机制的预测分析

作者：潘翠丽; 汪书哲; 王兴平; 罗仍卓么; 魏大为; 蔡小艳; 马云

来源：中国生物制品学杂志, 2021, 34(07): 804-810.

DOI：10.13200/j.cnki.cjb.003374

• miR-504
• 靶基因预测
• 乳房炎
• 信号通路
• 调控网络

目的预测分析牛miR-504(bta-miR-504)靶基因对奶牛乳房炎的调控机制。方法应用miRBASE数据库检索并分析miR-504成熟序列在不同物种中的保守性,TargetScan及miRWalk软件预测bta-miR-504的靶基因,DAVID在线软件对靶基因进行GO分类统计注释分析和KEGG通路注释分析,STRING在线软件和Cytoscape软件进行蛋白相互作用分析,采用Cytohubba软件中的11种方法计算并分析候选靶基因中的核心基因。结果 miR-504成熟区序列在不同物种间呈高度保守。共筛选出477个bta-miR-504候选靶基因,其参与的主要生物过程包括细胞内信号转导、细胞内蛋白转运和负调控MAPK活性等,显著富集于癌症、内吞、Ras、雌激素和胰岛素信号通路。与候选靶基因编码蛋白存在较多互作关系的蛋白包括TOLLIP、RIK3R1、TRAF6、EGFR、FBXL20、FBXL18、FBXO41、FBXL12等,其编码基因参与癌症、催乳激素、雌性激素、胰岛素、NF-kappa B、AMPK、Ras、TNF及心肌细胞肾上腺激素等信号通路。btamiR-504候选靶基因调控网络中的核心基因为TRAF6和CFTR。结论 bta-miR-504核心候选靶基因TRAF6和CFTR可能通过AMPK、Ras、Hepatitis C和Measles信号通路参与奶牛乳房炎的调控作用。

• 单位
  宁夏大学