明珠金矿矿体呈细脉状、网脉状赋存于两条大规模断裂(F1、F2)夹持的次级构造破碎带中,矿体近矿围岩为上侏罗统妥甸组(J3t)杂色砂泥岩,围岩蚀变主要有黄铁矿化、硅化。该金矿属构造控制的热液叠加型金矿床。