基于高通量测序的鹿角杯形珊瑚微卫星标记的开发

作者：罗燕秋; 黄雯; 余克服^*; 李明; 武茜; 王英辉; 李扬; 陶永健; 陈胤民

来源：广西大学学报(自然科学版), 2020, 45(04): 958-965.

DOI：10.13624/j.cnki.issn.1001-7445.2020.0958

• 鹿角杯形珊瑚
• 人工白化
• 高通量测序
• 微卫星标记
• 多态性

为了更深入开展珊瑚遗传结构及其多样性研究,本研究采用高通量测序对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。首先用人工白化的方法获得污染较低的鹿角杯形珊瑚,然后使用该样品DNA,基于高通量测序平台对鹿角杯形珊瑚简化基因组进行了测序,最终设计得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2 786对。利用海南三亚鹿角杯形珊瑚对其中6对多态性较高的微卫星标记进行了评价。每个微卫星位点的有效等位基因数(Ne)为2.198～5.000;观测杂合度(Ho)为0.531～0.875;期望杂合度(He)为0.512～0.816;Shannon多样性指数为0.856～1.829;多态信息含量(PIC)为0.441～0.777,其中有4对微卫星标记呈现为高度多态性(PIC> 0.5),2对微卫星标记为中度多态性。经过Bonferroni校正后,只有微卫星标记LB11偏离哈迪—温伯格平衡;连锁不平衡检验结果表明,位点之间不存在连锁不平衡现象。

• 单位
  广西大学