火龙果SSR分子标记核心引物的筛选

作者：胡文斌; 林家年; 洪青梅; 李婧; 濮文辉; 何云; 李洪立^*; 李琼^*

来源：热带农业科学, 2020, 40(12): 35-42.

DOI：10.12008/j.issn.1009-2196.2020.12.007

• 火龙果
• SSR核心引物
• 遗传多样性
• 聚类分析
• 品种鉴定

为了筛选出适合火龙果种质资源遗传多样性分析和品种鉴定的SSR核心引物,以遗传背景差异较大的8份火龙果种质资源对已报道的20对火龙果SSR引物和本课题组转录组测序开发的100对EST-SSR引物进行初步筛选,筛选出引物36对。再利用18份形态差异较大、不同来源的火龙果种质资源对初筛引物进行复筛和验证,筛选出24对SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。24对核心引物对18份火龙果种质资源进行遗传多样性分析,共得到117个等位基因,平均每个位点等位基因数(Na) 4.88个,有效等位基因数(Ne)为2.341,期望杂合度(He)为0.516,多态性信息含量指数(PIC)平均为0.471,说明引物的多态性较高,能够有效揭示18份火龙果种质资源的遗传多样性。筛选出的24对SSR引物,带型清晰、稳定,多态性较高,可作为核心引物用于现有的火龙果种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。

• 单位
  中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所; 海南大学