原麝基因区和基因间隔区微卫星分布规律及其功能分析

作者：张琪; 刘凤燕; 赵琪; 罗雷; 赵贵军^*; 戚文华^*

来源：四川动物, 2023, 42(03): 311-318.

• 原麝
• 微卫星序列
• 生物信息学
• 功能分析

原麝Moschus moschiferus为国家一级重点野生保护动物，本文利用R脚本和TBtools提取原麝基因组中不同区域，包括5’端非翻译区（5’UTR）、3’端非翻译区（3’UTR）、外显子区、内含子区和基因间隔区的序列，统计和分析了微卫星（SSR）的分布规律、特征和功能。原麝基因组中SSR重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、ACC、ACG、AGG、AAAC和AACTG。5’UTR中的三碱基丰度最高，3’UTR、基因间隔区、外显子区和内含子区均是单碱基最丰富。5’UTR含SSR的编码基因参与多生物体细胞膜组织、细胞骨架的结构成分、有丝分裂纺锤体的形成等功能；3’UTR含SSR的编码基因主要参与跨膜反应、转移酶复合物、基因结合等功能。本研究旨在探索原麝全基因组基因间隔区和编码区SSR分布规律及其生物学功能，为原麝分子标记及其遗传多样性研究提供科学依据。

• 单位
  重庆三峡学院; 重庆市药物种植研究所