联合二代和三代测序技术鉴定新冠病毒

作者：林琦; 黄枝妙; 曾志伟; 陈炜; 陈明建; 翁育伟^*

来源：中国人兽共患病学报, 2023, 39(11): 1053-1059.

• 新型冠状病毒
• 高通量测序
• BQ.1变异株
• 变异分析

目的 为迅速精准鉴定新型SARS-CoV-2变异株，采用“二代+三代”联用技术对福建省2例输入性SARS-CoV-2感染病例标本进行全基因组测序和变异分析。方法 分别采用Nanopore和Illumina技术进行病毒全基因组测序，应用Pangolin系统判定病毒型别，利用进化分析软件构建系统发育树，使用Nextclade进行病毒全基因组突变分析、ACE2受体亲和力及免疫逃逸能力评估。结果 自2例病例呼吸道标本中获得2株SARS-CoV-2全基因组序列，长度分别为29 665 bp和29 682 bp,基因组平均覆盖度>99.0%,均为Omicron变异株BQ.1进化分支；进化分析表明2株病毒在BQ.1进化分支同一簇上，结合流调资料，推测2个病例可能来自同一传染源；突变分析显示2株病毒共享全部77个核苷酸突变位点，除S:A27S和S:24-26del外，其余均为BQ.1变异株的特征性突变；2株病毒ACE2受体亲和力及免疫逃逸能力的预测分值均>0.6,推测其生物学特性发生较明显变化，需给予持续监测预警。结论 成功应用“二代+三代”测序技术证实福建省首发输入性BQ.1进化分支感染病例，该技术兼顾测序的准确性和时效性，可为SARS-CoV-2变异监测提供技术参考。