HOXC8在食管癌中的表达及富集分析

作者：张明鑫; 路宁; 姚力; 袁慧; 张灵敏^*

来源：国际肿瘤学杂志, 2020, 47(05): 284-288.

• 食管肿瘤
• 癌症和肿瘤基因组图谱
• HOXC8

目的探讨HOXC8在食管癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法从癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理食管癌数据集的mRNA表达RNA-Seq数据及临床预后相关数据,进行差异表达基因分析,并绘制火山图和热图,对筛选出的差异表达基因进行可视化。以HOXC8表达量的中位数为界将食管癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析。然后使用GSEA 4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果对161例食管癌组织和11例癌旁组织的mRNA表达数据进行差异表达分析后,共筛选出3 454个差异表达基因,其中有2 317个上调的基因和1 137个下调的基因,聚类分析结果显示,差异表达可以把食管癌与癌旁组织有效区分开,说明上述差异表达结果具有很好的准确性。差异分析和配对差异分析结果显示,HOXC8在食管癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义(t=5.333,P<0.001;t=3.101,P=0.007)。删除生存时间<30 d的样本后,共有107例样本,HOXC8高表达患者(n=54)的预后更差,中位生存时间为553 d(95%CI为396～710),HOXC8低表达患者(n=53)的中位生存时间为784 d(95%CI为62～1 506),差异有统计学意义(χ2=4.153,P=0.042),提示HOXC8为癌基因。GSEA分析结果显示,HOXC8高表达样本富集了细胞周期、剪接体等相关基因集,而HOXC8低表达样本则富集了磷脂酰肌醇信号通路等相关基因集。结论 HOXC8在食管癌中显著高表达,且HOXC8高表达的患者预后更差,其可能通过参与细胞周期、剪接体、磷脂酰肌醇信号通路等调节食管癌的发生发展。

• 单位
  西安医学院第一附属医院; 西安交通大学第一附属医院; 神经内科; 西电集团医院