雍正朝对两种宗教的政策表现出较大差异。对喇嘛教的政策较为强硬,一是对喇嘛教叛乱"武力靖边";二是对不同区域的喇嘛教脑进行册封,实行"分而治之"的策略,以弱其势。对回民与汉民一视同仁,尊重和保护回民的风俗与宗教信仰。