基于TCGA数据库的肾透明细胞癌基因表达及预后因素分析

作者：贾玉洁; 王一; 王冀邯^*

来源：海南医学, 2020, 31(14): 1778-1781.

• 肾透明细胞癌
• 肿瘤基因组图谱计划
• 差异表达基因
• 生存曲线
• 分子诊断
• 预后评估

目的分析肾透明细胞癌(ccRCC)基因表达变化及预后相关因素。方法运用R/Bioconductor分析平台,基于肿瘤基因组图谱计划(TCGA)中的ccRCC研究数据,运用Limma算法筛选肿瘤组与对照组间倍数改变>2,P<0.05的基因为差异表达基因。进一步以患者年龄、性别、TNM分期、基因表达值为影响因素分析并绘制Kaplan-Meier生存曲线。结果在肿瘤组织中筛选出4 837个差异表达基因(上调基因1 974个,下调基因2 863个),其中252个差异基因倍数改变>5个(27个上调基因,225个下调基因);性别因素对患者整体生存率无显著影响(P>0.05);随着年龄增加以及TNM分期的进展,患者整体生存率下降(P<0.05);随着基因NPTX2、HSF4表达升高,患者整体生存率下降(P<0.05);随着基因TMEM213表达升高,患者整体生存率上升(P<0.05)。结论本研究鉴定了肾透明细胞癌的基因表达变化及预后相关因素,能够为疾病的分子诊断与预后评估等提供依据。

• 单位
  西安交通大学; 河北科技大学