基于转录组数据高通量发掘灰茶尺蠖微卫星标记

作者：王定锋; 李良德; 李慧玲; 李金玉; 吴光远^*

来源：茶叶学报, 2021, 62(04): 191-197.

• 灰茶尺蠖
• SSR
• 转录组
• 重复基元

灰茶尺蠖Ectropis grisescens是一种重要的茶树害虫,在我国主要产茶区均有分布。为高通量发掘该虫的SSR标记,利用MISA软件对灰茶尺蠖转录组中66468条unigenes进行SSR检测。结果显示,共找到18339个SSR位点,出现频率为27.59%。这些SSR位点分布在13465条unigenes中,分布频率为20.26%。单核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的68.14%。灰茶尺蠖转录组SSR中共发现84种重复基元,其中单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总量的65.47%。10次重复的SSR数量最多有6822个,占总SSR的37.20%;其次是11次重复的为2526个,占13.77%。本研究表明灰茶尺蠖转录组中SSR位点数量大、出现频率高、基元类型极丰富,这些信息将为今后更好地利用SSR标记研究灰茶尺蠖种群遗传多样性、种群起源演化和害虫综合治理等提供参考。

• 单位
  福建省农业科学院