深龋微生物宏基因组测序结果比对不同数据库的研究

作者：常婷; 周密; 李仪红; 刘高霞^*

来源：口腔医学研究, 2020, 36(04): 355-359.

DOI：10.13701/j.cnki.kqyxyj.2020.04.012

• 深龋
• 微生态
• 宏基因组
• 数据库

目的:探讨深龋微生物宏基因组测序结果物种注释时比对不同数据库的差异。方法:收集青少年第一恒磨牙深龋样本共16份,提取DNA后基因组高通量测序。测序结果分别比对NCBI nr数据库及HOMD数据库,分析应用不同数据库时深龋微生物组成的差异性。结果:深龋微生物在纲分类水平上,两种数据库中相对丰度位于前10微生物均为放线菌纲、芽孢杆菌纲、拟杆菌纲、红蝽菌纲、Negativicutes纲、梭杆菌纲、梭菌纲、β-变形菌纲、黄杆菌纲和互养菌纲。在属分类水平上,两种数据库中相对丰度位于前10微生物均为乳杆菌属、放线菌属、欧氏菌属、普氏菌属、丙酸杆菌属、链球菌属、月形单胞菌属、棒杆菌属、纤毛菌属和类斯氏菌属。物种比例水平在两数据库中得到的数值有微小差异,但无明显统计学意义(P>0.05)。结论:深龋样本宏基因组数据分别于NCBI nr和HOMD数据库注释后,微生物数量及结构无明显差异。

• 单位
  华中科技大学同济医学院附属协和医院