鸡GATA基因家族鉴定及生物信息学分析

作者：孟婕; 王闯; 杨晴; 张贝; 李可强; 张传生; 耿立英^*; 李祥龙

来源：河南农业科学, 2021, 50(12): 163-169.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.12.019

• 鸡
• GATA基因家族
• 进化分析
• 基因结构
• 蛋白质互作

为了解鸡GATA(ChGATA)家族基因特性,利用生物信息学方法对ChGATA基因家族成员进行鉴定,分析其理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、进化关系、蛋白质结构及蛋白质互作关系。结果表明,共鉴定出6个ChGATA基因,不均匀地分布在5条染色体上。根据蛋白质保守结构域命名为ChGATA2—ChGATA6和ChTRPS1。理化性质分析结果显示,ChGATA均为无稳定的亲水蛋白质,且除ChTRPS1外均为碱性蛋白质。二级结构预测分析结果显示,ChGATA主要由无规则卷曲组成。保守结构域分析结果显示,ChGATA均包含ZnFGATA结构域。系统进化分析结果显示,ChGATA基因家族可分为3个亚群,且同一亚群的基因结构相似、蛋白质三级结构相似、相互作用蛋白质较一致、亲缘关系较近。

• 单位
  河北科技师范学院