基于生物信息学识别早期肺腺癌生物标志物

作者：苗桂华; 袁金珊; 李德涛; 侯玉磊; 陈辉^*

来源：国际检验医学杂志, 2023, 44(19): 2324-2330.

• 肺腺癌
• 生物信息学
• 生物标志物
• PECAM1
• ENG

目的 通过生物信息学分析，探索用于肺腺癌早期诊断的潜在生物标志物。方法 采用生物信息学方法，选择早期肺腺癌的基因表达数据库(GEO)数据集GSE27262、GSE63459、GSE116959、GSE118370,筛选肺腺癌与正常样本之间的差异表达基因，选择DAVID在线分析工具进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析，使用STRING和Cytoscape绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图，使用cytoHubba确认PPI网络的中枢基因，并通过GEPIA2数据库验证中枢基因的表达和总生存率。结果 共获得154个差异表达基因，主要集中于血管新生、细胞膜筏、转化生长因子-β(TGF-β)结合功能和肿瘤组织中的蛋白聚糖；创建了一个由154个节点和195条边组成的PPI网络；采用最大集团中心度(MCC)算法筛选出10个中枢基因：PECAM1、ENG、VWF、TEK、TIMP1、CAV1、ANGPT1、ACVRL1、BMPR2和SMAD6。除TIMP1外，这些中枢基因在肺腺癌组织中的表达均下调。生存分析结果显示，PECAM1和ENG的低水平表达与肺腺癌患者的不良总生存率有关。结论 PECAM1和ENG与肺腺癌患者的血管生成有关，可作为肺腺癌的早期生物标志物。

• 单位
  重庆医科大学附属第一医院