细胞视黄酸结合蛋白2在肾母细胞瘤中的生物信息学分析

作者：任双; 罗殿中^*

来源：广西医科大学学报, 2020, 37(06): 1035-1040.

DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2020.06.008

• 细胞视黄酸结合蛋白2
• 肾母细胞瘤
• 生物信息学

目的:通过生物信息学方法分析细胞视黄酸结合蛋白2(CRABP2)在肾母细胞瘤中的表达,并探讨其在肾母细胞瘤发生发展中的分子机制。方法:通过TARGET、GTEx、GEO数据库获得CRABP2的表达数据,将数据进行统一标准化处理,通过Meta分析探讨CRABP2在肾母细胞瘤组织和正常对照组织的差异表达。通过TARGET和cBioPortal网站分析CRABP2的共表达基因,并将其取交集,将交集的共表达基因通过WebGestalt网站进行GO功能分析和KEGG富集分析,探索CRABP2在肾母细胞瘤中的分子机制。结果:Meta分析森林图结果显示,CRABP2在肾母细胞瘤中的表达高于正常对照组织(SMD=2.87,95%CI:0.71～5.04,P=0.000),SROC曲线下面积(AUC)=0.999 2,具有诊断意义。通过TARGET和cBioPortal网站获得CRABP2的435个重叠共表达基因。GO富集分析结果显示,重叠共表达基因功能主要富集于chromosome organization、DNA metabolic process和DNA clamp loader activity等生物学过程。KEGG通路结果显示,重叠共表达基因主要富集于spliceosome、pyrimidine metabolism和cell cycle等信号通路。结论:CRABP2作为肾母细胞瘤中的一种新的分子诊断标志,可能通过参与肾母细胞瘤的DNA组成及代谢,从而参与肾母细胞瘤的发生发展。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院