从交易成本理论视角来看,生物医药孵化器具有实现创新资源共享、降低市场交易成本等作用,在运营发展过程中也会产生比较高的信息成本、协调成本及监督成本。分入孵、在孵两个阶段,分析提出我国生物医药孵化器运营成本问题的成因,主要包括信息共享不足、运行机制不够健全以及监督体系有待完善等,结合对美国强生JLabs生物医药孵化器的案例分析,从交易成本视角为降低我国生物医药孵化器运营成本、提高孵化能力,提出加强信息共享建设、制定健全运行机制和构建完善监督体系等具体对策建议。