临床医学硕士专业学位研究生的培养与住院医师规范化培训相结合可以使教育资源得到充分的利用,具有一定的优势。然而,在临床医学硕士专业学位研究生的培养与住院医师规范化培训并轨的过程中仍然存在一些问题,如科研能力培养不足、缺乏有效的轮转出科考核方法和标准等。建议明确培养目标,加强专业学位研究生的科研训练；合理设置专业学位研究生课程和选择合适的教学方法；建立合理的专业学位研究生考核方法和标准；完善专业学位研究生培养过程质量保障体系,以提高临床医学硕士专业学位研究生的培养质量。
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