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摘要
为了解2019年上海地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）流行毒株的基因特征及32致病性，本研究将该地区猪的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞连续盲传，成功分离了PEDV/CHSH/2019毒株。基于RT-PCR及第二代测序技术完成了该毒株的全基因组测序，利用GenBank中公布的PEDV毒株序列对其进行全基因序列同源性比对及遗传进化树分析。结果显示PEDV/CHSH/2019与我国近年来流行毒株序列一致性为97.71%-99.96%，明显高于LZC、CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株，属于重组毒株G2-b亚群。基于S蛋白区域的变异分析发现，与经典CV777毒株相比，第58-61、139位发生了氨基酸的插入，第161和162位发生了氨基酸的缺失，而与近年来强毒株S蛋白的氨基酸序列较为一致。本研究结果将为掌握上海地区PEDV最新流行毒株的基因组特性、进化趋势和完善疫苗防控策略提供理论依据。
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单位上海交通大学; 上海市动物疫病预防控制中心
