次氯酸鉴定硫修饰DNA的方法

作者：张灿; 浦天宁; 邓子新; 刘建军; 李利明^*; 梁晶丹^*; 汪志军

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(09): 3983-3989.

DOI：10.13417/j.gab.039.003983

• 硫修饰DNA
• Dnd表型
• HClO
• sDNA氧化

硫原子在DNA骨架上取代非桥接氧原子的磷硫酰化修饰简称DNA硫修饰(phosphorothioation DNA, PT-DNA/sDNA)。PT-DNA在电泳过程中会出现Dnd降解表型(DNA degradation phenotype)。Dnd表型可作为判断菌株DNA上是否含有硫修饰现象的指标之一。目前有几种DNA硫修饰的鉴定方法,但这些方法存在实验周期长、灵敏度低、结果可重现性差等缺点。本研究开发了一种简易的DNA硫修饰的鉴定方法:采用HClO处理质粒、染色质DNA和硫修饰二核苷,鉴定Dnd表型。实验证明,HClO对DNA骨架硫具有特异性氧化断裂的化学属性,而对不含硫的DNA无断裂能力;通过探索HClO对s DNA切割的反应条件,发现HClO在浓度20～40μmol/L之间,37℃,30 min水浴后可得到最佳切割条件;此外还证明了HClO在切割硫修饰核苷酸片段时,对其长度、序列及构象(R-或S-构型)均无选择性。本研究为Dnd表型提供了一种更为便捷、可靠的鉴定方法,为硫修饰相关的研究提供了一定的技术支持。

• 单位
  上海交通大学; 生命科学技术学院