实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数

作者：付立霞; 高雯; 韩先干; 高波; 张晓君; 刘晓丹; 曾令兵

来源：淡水渔业, 2018, 48(04): 63-70.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.20180516.007

• 爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)
• 隐蔽质粒
• 质粒拷贝数
• 实时定量PCR

为测定爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数,并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响,分别采用试剂盒和水煮法制备爱德华氏菌基因组,通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质粒拷贝数,同时测定试剂盒对染色体DNA和质粒DNA的回收率。结果显示,以试剂盒提取的总DNA测得的pEI1和p EI2拷贝数绝对定量和相对定量分别为3.63±0.30、5.04±0.18和4.22±0.15、5.13±0.50,显著低于以水煮法测得的pEI1和p EI2拷贝数的绝对定量11.84±0.80、11.70±0.25和相对定量13.85±1.64、11.90±0.97。回收率结果显示,试剂盒对染色体DNA的回收率(45.8±4.1)%,显著高于对质粒pEII的回收率(25.1±0.5)%和pEI2的回收率(31.3±1.7)%。结果表明:通过实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数时,基因组的制备以水煮法为宜,爱德华氏菌隐蔽质粒pEI1和pEI2均属于中拷贝质粒。

• 单位
  中国水产科学研究院长江水产研究所; 农业部; 中国农业科学院上海兽医研究所; 扬州大学