贵州苗岭地区野猪肠道菌群结构与功能分析

作者：杨雄威; 彭彩淳; 郭群毅; 冉景丞; 王野影; 张明明; 胡灿实; 李仕泽; 粟海军^*

来源：兽类学报, 2021, 41(04): 365-376.

DOI：10.16829/j.slxb.150515

• 野猪
• 高通量测序
• 肠道菌群
• 细菌多样性
• 菌群功能
• 贵州

野猪是当前南方山地森林生态系统中数量激增的主要有蹄类。为揭示贵州苗岭地区野猪肠道细菌的群落结构、多样性及菌群功能,本研究采用16S rRNA高通量测序技术检测了4头野猪胃肠道(胃、回肠、结肠和直肠)的细菌群落,共获得1 268 577条有效序列。经质控过滤,所有序列归类于1 019个OTU,包含19门292属。在门分类水平上,野猪肠道内核心菌群主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),优势菌属包括普雷沃氏菌属(Prevotella)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、大肠—志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)等15个菌属。稀疏曲线表明测序深度已基本覆盖样品中所有细菌,测序充分。alpha多样性指数中,结肠和直肠的Chao1和Shannon指数显著高于胃和回肠(P<0.05),证明结肠和直肠比胃和回肠具有更高的菌群丰富度和多样性。主坐标分析(PCoA)和相似性分析(Anosim)结果也同样表明野猪不同肠道菌群结构具有显著差异。LEfSe分析表明在野猪不同肠段共有22个显著差异的细菌菌属,其中大部分都归属于厚壁菌门,并且PICRUSt分析显示不同的肠段也表现出独特的代谢功能和代谢途径。本研究初步揭示了野猪的肠道菌群特征,发现野生种群野猪肠道中具有相对复杂的菌群结构,且不同肠段间存在显著差异。

• 单位
  生命科学学院; 贵州师范大学; 贵州大学