基于生物信息学的食管鳞癌关键基因筛选

作者：苏毅馨; 李林潞; 毛昀; 褚雪镭; 陈峥; 朱世杰^*

来源：重庆医学, 2021, 50(11): 1915-1921.

• 食管鳞肿瘤
• 差异表达基因
• 生物标志物
• 生物信息学

目的探索食管鳞癌(ESCC)基因调控机制以寻找诊治相关潜在的生物标志物。方法整合GEO数据库中ESCC基因芯片数据集获得共同差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)和基因组百科全书数据库(KEGG)分析,构建蛋白互作网络后筛选出核心DEGs。利用GEPIA进行表达差异及生存分析,经UALCAN验证差异分析结果。结果 33例ESCC组织及15例正常组织中筛选出86个DEGs。GO和KEGG富集分析结果显示,差异基因功能主要涉及细胞周期、细胞分化、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路等,蛋白互作分析网络筛选出27个核心基因,其中与患者预后相关基因两个:CKDN3、KIF4A。结论 CKDN3、KIF4A在ESCC组织中高表达,与ESCC预后相关,有助于ESCC的诊断及预后。

• 单位
  中国中医科学院望京医院