斑马鱼E3泛素连接酶基因的生物信息学分析和mRNA表达

作者：李宝钧; 王伟伟; 安丽霞

来源：畜牧与饲料科学, 2019, 40(08): 12-16.

• 斑马鱼
• E3泛素连接酶
• 生物信息学
• mRNA表达

[目的]对斑马鱼E3泛素连接酶基因进行生物信息学分析,并研究其mRNA表达情况。[方法]利用生物信息学方法分析斑马鱼E3泛素连接酶基因的cDNA序列、蛋白质二级结构、结构域、氨基酸序列同源性,并构建进化树;利用整胚原位杂交技术研究目的基因在斑马鱼体内的mRNA表达模式。[结果]在NCBI基因库中找出TRIM54、TRIM55a、TRIM55b、TRIM63a、TRIM63b和TRIM101 6个斑马鱼E3泛素连接酶基因。这些基因之间有较高的同源性,二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,编码的蛋白质均含有3个保守结构域:环锌指、B-box锌指和卷曲螺旋。进化树分析显示,所有基因聚为4组:各物种TRIM54基因聚为一组;各物种TRIM55基因聚为一组,但靠近于斑马鱼TRIM101基因分支;TRIM63基因分为一组。整胚原位杂交结果显示,这些TRIM基因的mRNA均在受精后24 h的斑马鱼的肌节中表达,且TRIM55a、TRIM63a和TRIM101基因表达量较高。这些TRIM基因在肌肉发育和肌肉功能中可能发挥作用。[结论]斑马鱼的6个E3泛素连接酶基因有较高的保守性,其mRNA特异性表达于肌节部位。结果对深入研究这些基因在鱼类肌肉中的作用和指导鱼类生产具有一定的意义。

• 单位
  山西农业大学; 动物科技学院