近年来,伴随着中国经济发展,中国企业数目的迅速增长,供应链不断扩大,企业与企业间的合作也不断增多。而供应链是一个复杂的系统,由于其自身的复杂性与不确定性,供应链上的企业合作存在不少的问题。通过通读文献与分析研究总结后,归纳为以下三个主要的问题:企业间的诚信问题;企业间的利益分配问题;企业合作伙伴的选择问题。本文针对企业合作中的主要问题做出一定的分析,并提出相应的解决办法。最后,从实证出发,利用基于熵权法的TOPSIS模型法对合作伙伴选择具体分析,体现分析的具体价值。