16S rDNA测序技术在婴儿肠道微生态研究中的应用

作者：马丽亚; 王辉林; 陈睿; 张敏; 黄艳; 卢光进

来源：检验医学与临床, 2015, 12(02): 166-168.

DOI：10.3969/j.issn.1672-9455.2015.02.011

• 肠道菌群
• 测序
• 宏基因组
• 婴儿

目的探讨16SrDNA测序技术在新生儿、婴儿肠道微生态研究中的应用。方法于生后3天、1月、6月、1岁时收集2例健康婴儿粪便标本共8份,提取细菌总DNA,以Illumina Hiseq 2000为测序平台,采用新一代高通量16SrDNA宏基因组测序技术对V6可变区测序,并进行生物信息分析(物种分类和丰度分析;多样性分析)。结果 8份样品共产生原始测序数据为1 027.47 Mbp,Unique tags序列数量均值为58630,OTU数量63209;优势菌门为Proteobacteria和Firmicutes;在科水平,>1%的物种1个月之内24种,6月后达710种;1号婴儿一直以Enterobacteriaceae占优势,2号婴儿优势菌群包括Enterobacteriaceae、Lachnospiraceae、Streptococcaceae和Bacteroidaceae;4个时间点的npShannon和Simpson指数分别为1.17、1.29、2.16、2.51和0.43、0.40、0.26、0.14。结论 16SrDNA测序技术能满足新生儿、婴儿肠道微生态研究需求;新生儿、婴儿粪便中含丰富细菌基因组;细菌物种丰度及分类存在个体差异;从出生到1岁,婴儿肠道菌群结构趋向复杂和多样。

• 单位
  中心实验室; 深圳市宝安区妇幼保健院