生物信息学分析长链非编码RNA在变应性鼻炎中的作用

作者：**玲; 王留珍; 冯海燕^*

来源：中国耳鼻咽喉颅底外科杂志, 2022, 28(01): 51-57.

• 变应性鼻炎
• 长链非编码RNA
• 竞争性内源RNA
• GEO数据库
• 生物信息学

目的 识别变应性鼻炎(AR)疾病进展的差异表达基因，探索其竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控机制，并筛选潜在的治疗靶点。方法 检索GEO数据库，下载AR的微阵列芯片GSE46171。借助R语言等软件分析得到差异的长链非编码RNA(lncRNA)与信使RNA(mRNA),并通过公共数据库预测与差异lncRNA互作的微小RNA(miRNA)及其调控的mRNA,再与差异mRNA取交集，整合得到lncRNA-miRNA-mRNA关系，构建ceRNA网络。随后采用STRING数据库和cytoscape软件筛选关键基因，利用DAVID数据库分析关键基因的基因功能与相关通路，挖掘关键ceRNA网络。结果 (1)与正常鼻黏膜组织对比，AR患者鼻黏膜组织35个lncRNA和2 071个mRNA存在差异表达；(2)筛选出CREB1、PPARG、ETS1、IRF4、JAK2共5个关键基因；(3)关键基因所富集的功能包括髓细胞分化、DNA结合的正调控等生物学过程，涉及Longevity、AMPK、IL-17等信号通路；(4) 6种miRNA(miR-27a-3p、miR-125a-5p、miR-135a-5p、miR-125b-5p、miR-17-5p、miR-20b-5p)可能在导致AR发生发展过程中发挥关键作用。结论 通过对AR相关lncRNA介导的ceRNA网络进行分析，识别出潜在的治疗靶点及信号通路，为进一步阐明其发病机制，并为后续的实验研究提供参考依据。

• 单位
  柳州市人民医院; 广西中医药大学