德保矮马和蒙古马体尺发育相关lncRNAs的筛选和比较

作者：房君; 凌宇; 潘静; 曹宇; 周欢敏; 张焱如^*

来源：农业生物技术学报, 2020, 28(08): 1417-1430.

• 德保矮马
• 垂体
• 长骨骨骺
• 转录组测序(RNA-seq)
• 长链非编码RNA (lncRNA)

德保矮马(Equus caballus)是我国广西的优秀马品种,在体高方面与我国其他品种马匹有显著差异,但对德保矮马体尺发育的调控机制知之甚少。本研究对蒙古马和德保矮马在幼年和成年时期的垂体和长骨骨骺进行组织样本采集和转录组测序,得到不同发育阶段差异表达的长链非编码RNAs (long non-coding RNA, lncRNAs) 847个,其中512个上调表达、335个下调表达;得到不同品种间差异表达的lncRNAs 1 633个,其中882个上调表达、751个下调表达;另外,德保矮马成年和幼年发育时期垂体组织中差异表达的lncRNAs为41个,而长骨组织中为5个;蒙古马成年和幼年发育时期垂体组织中差异表达的lncRNAs为41个,而长骨组织中为7个;在幼年时期蒙古马和德保矮马垂体组织中差异表达的lncRNAs为59个,而长骨组织中为34个;在成年时期蒙古马和德保矮马垂体组织中差异表达的lncRNAs为32个,而长骨组织中为35个。将这些差异表达lncRNAs所对应的靶基因进行KEGG和GO(Gene Ontology)分析,结果主要涉及神经系统和内分泌系统发育等方面。根据差异表达基因相关的基因功能富集、通路富集和前人研究结果,共筛选出20个生长发育相关蛋白的编码基因,其中差异表达的lncRNAs中有13个是通过反式作用分别靶向生长激素(growth hormone, GH)和胰岛素样生长因子1 (insulin-like growth factor-1, IGF-1)基因。本研究结果可为德保矮马体尺发育相关机制研究及靶向矮小性状的家畜育种提供参考依据。

• 单位
  生命科学学院; 内蒙古农业大学