自主创新是企业生存和发展以及提高核心竞争力的重要途径。本文从自主创新是制造企业形成比较优势的核心因素等文献梳理出发,重点分析了企业自主创新对制造业高端化的影响。通过构建协整分析模型发现:规模以上工业企业R&D经费、专利申请授权数等对制造业高端化的促进作用非常显著。最后,从降低制度性交易成本、加大投入力度并提高效率等角度提出对策建议。