基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

作者：杜强; 姚义勇; 曾刚^*

来源：癌变·畸变·突变, 2020, 32(06): 457-463.

DOI：10.3969/j.issn.1004-616x.2020.06.009

• 异常纺锤体样小头畸形相关基因
• 肺腺癌
• 肿瘤标志物
• TCGA数据库

目的:探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因(ASPM)在肺腺癌中的表达水平,及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织m RNA表达水平和临床病例资料,比较ASPM m RNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异,统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图;利用DAVID工具对差异基因进行GO分析,采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路;STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果:ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织(P<0.05);ASPM表达水平与生存期相关,高表达ASPM肺腺癌患者预后较差(P<0.05),是肺腺癌患者预后的独立危险因素,R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个,差异表达基因富集到生物过程(BP)、细胞组分(CC)、分子功能(MF)在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路;Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论:ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差,可作为判断肺腺癌预后的标志物。

• 单位
  南京医科大学