甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

作者：毕楚韵; 黄小芳; 王和寿; 陈其俊; 胡韵卓; 黄碧芳; 许明; 杨志坚; 陈选阳^*; 林世强^*

来源：植物科学学报, 2021, 39(02): 163-171.

• 甘薯
• TCP
• 转录因子
• 生物信息学

基于甘薯(Ipomoea batatas (L.) Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN) 8个、ClassⅡ(CYC/TB1) 6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15～60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

• 单位
  福建农林大学; 生命科学学院