人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析

作者：刘璐; 何强; 陈世良; 张小燕; 周泽扬; 许金山

来源：重庆师范大学学报(自然科学版), 2016, 33(05): 12-17.

• 微孢子虫
• 人气管普孢子虫
• MITEs
• 基因组
• 转座子

利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫(Trachipleistophora hominis)基因组内鉴定到9个MITEs家族ThME1ThME9,共123个拷贝,MITEs转座子的长度均小于600bp。根据靶位点重复序列(Target site duplication,TSD)的不同,将ThME1归属于Tc1/Mariner超家族,ThME2和ThME3归属于PIF/Harbinger超家族,ThME5和ThME6归属于CACTA超家族(超家族的名字用正体较好,下同),其余家族归为新家族。分析发现,人气管普孢子虫中的所有MITEs家族的吉布斯自由能均小于0,表明MITEs家族具有形成二级结构的潜能,有利于该家族在基因组上转座。人气管普孢子虫MITEs家族在基因组的插入时间估计在0800万年内,而且这种插入在基因组中是随机的,没有位置偏向性,并发现2个MITEs转座子拷贝插入到基因编码区内部。上述结果为进一步研究微孢子虫MITEs转座子的起源以及功能奠定了基础。

• 单位
  家蚕基因组生物学国家重点实验室; 云南省农业科学院; 生命科学学院; 重庆师范大学; 西南大学