党的十八届三中全会关于全面深化改革的决定对科研事业单位的成本核算提出了具体要求。为进一步完善科研事业单位权责发生制原则下的成本核算工作,文章回顾了改革开放以来科研事业单位成本核算的历史发展,总结了国内外对科研机构成本核算的研究成果,分析了现行成本核算的现状及存在的普遍性问题,对新政府会计准则制度背景下科研事业单位成本核算体系的构建进行了研究,根据施行权责发生制成本核算的迫切性、最新政策的要求,在成本核算内容、机制建设、制度建设、流程建设和信息化建设等方面提出了设想。