基于全基因组分析的肺炎克雷伯菌耐药性与流行病学特征分析

作者：熊流新; 黄志伟; 钟建辉; 陆丽苗; 梁启兰; 潘朝勇; 李淑英; 苏乐斌^*

来源：临床检验杂志, 2022, 40(08): 582-588.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2022.08.05

• 肺炎克雷伯菌
• 医院内感染
• 毒力基因
• 耐药基因

目的 了解肇庆市第二人民医院肺炎患者肺炎克雷伯菌(KP)分离株和医院环境KP分离株的病原学和分子流行病学特征。方法 对该医院2021年收集的49株肺炎患者KP分离株和2株医院环境KP分离株进行抗菌药物敏感性试验鉴定其耐药表型；全基因组测序确定其质粒、分子血清型、多位点序列分型(MLST)、毒力基因与耐药基因等分子特征；基于core-SNPs构建发育进化树，分析优势流行型菌株的进化特征。结果 感染KP的肺炎病患者大部分有基础病(87.76%),年龄>50岁(89.80%)。51株KP耐药表型以耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)为主，存在优势耐药谱。携带的质粒主要为IncR、IncFⅡ(pHN7A8)和ColRNAⅠ,且IncFⅡ(pHN7A8)的pMLST为F33:A-:B-型。拥有优势分子血清型和MLST的菌株与优势耐药表型的菌株完全重合，为O2aK64-ST11 CRKP株。毒力基因和耐药基因显示，51株KP中2株菌株携带脲酶基因ureB。全部菌株携带耐药基因情况严重，且检测出10种不同亚型的β-内酰胺酶基因家族(blaCTX-M,blaampC,blaOXA,blaLAP,blaKPC,blaLEN,blaSHV,blaSRT,blaTEM,blaOKP),优势流行型菌株均携带blaKCP-2基因。系统发育树结果显示有26株优势流行菌株与我国泸州、衡阳的分离株属于一个克隆体，与北京、成都、巴黎的分离株属于一个克隆群。结论 该医院感染KP的肺炎患者中存在一种优势流行的强耐药克隆体菌株(O2aK64-ST11 CRKP),且该型菌株已经出现在院内和社区的相互散播趋势。

• 单位
  肇庆市疾病预防控制中心; 肇庆市第二人民医院