专门协商机构的运行机理指的是人民政协在国家治理体系中发挥作用的机理,是由人民政协作为专门协商机构的职能决定的。而人民政协作为专门协商机构的职能又是由人民政协专门协商机构的机构属性决定的。因此,明确人民政协作为专门协商机构在我国国家治理体系中的运行机理,就必须明确人民政协作为专门协商机构的机构职能,而要明确人民政协专门协商机构的机构职能,则必须准确理解和把握人民政协专门协商机构的机构属性。