利用17个随机引物对来自中国和美国的29份花莲种质资源材料进行了RAPD分析。扩增形成207条谱带,多态带122条,多态率为58.94%。说明中国花莲具有较丰富的遗传多样性。结果还显示:(1)花莲种质资源可被分为2个品种群:品种群Ⅰ以大花型为主,少量小花型。品种群Ⅱ以中小型花为主。又在欧氏遗传距离11.01处分为7个亚品种群。(2)美洲黄莲与中国莲的花莲之间在DNA水平上没有显著差异,与中小型花关系更近。