样本采集与处理条件对中华按蚊转录组测序结果的影响

作者：耿合员; 何江; 王渊; 孙立新; 聂国嫒; 胡双双; 杨庆贵^*

来源：寄生虫与医学昆虫学报, 2020, 27(03): 143-150.

• 中华按蚊
• 转录组测序
• 比较转录组分析
• 样本处理方法
• 生物信息学

中华按蚊是严重威胁人类健康的害虫,对其生物样本进行转录组分析是风险评估与监测的常用重要手段。本文评估了吸血、存活状态及妥善存入RNA贮存液前的冷冻时间等变量对于中华按蚊转录组测序及分析结果的影响。研究共对4组12个中华按蚊野生样本进行测序,获得48 775个基因及其对应表达量。各样本质量通过核心直系同源基因与检出Unigene完整性进行衡量,计算过程与结果数据均通过统计学显著性检测(Qvalue≤0.01)。结果显示,吸血活体且保存至RNA贮存液前未经冷冻的样本质量最佳,其核心直系同源基因与检出Unigene完整性均超过90%。非吸血样本组装结果呈碎片化,表现为整体检出基因比例高达94.07%,但完整核心直系同源基因比例却仅为63.3%。冷冻过程对转录组测序结果影响极为严重,无论个体冷冻前存活与否,20 min左右即可导致20%以上的基因缺失。本研究为评估中华按蚊转录组数据有效性,以及之后提升相关研究的准确性提供了理论基础与数据支持。

• 单位
  陕西国际旅行卫生保健中心; 江苏国际旅行卫生保健中心; 江苏省检验检疫科学技术研究院