基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因

作者：姚怡玮; 徐静; 杨萌; 李燕呢; 何美军; 郭坤元; 吴斌^*

来源：中国现代中药, 2019, 21(04): 429-437.

DOI：10.13313/j.issn.1673-4890.20180904005

• 野葛
• 生物信息学
• microRNA
• 靶基因

目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs(miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块"psRobot-mir"将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测。结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100%。基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白。结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础。

• 单位
  中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室; 中国医学科学院药用植物研究所; 湖北省农业科学院中药材研究所