宏基因组测序技术检测血流感染样本去宿主干扰效应四种预处理方法的比较

作者：贾适瑜; 王飞燕; 杨琳梅; 耿洁; 李峰; 高简; 周洲; 程军^*

来源：现代检验医学杂志, 2023, 38(04): 154-158.

DOI：10.3969/j.issn.1671-7414.2023.04.028

• 血流感染
• 去宿主方法
• 病原微生物
• 宏基因组测序

目的 探讨不同去宿主方法对血流感染样本中病原微生物检测的影响。方法 以浓度分别为105,103,102和10CFU/ml的模拟金黄色葡萄球菌血流感染样本为研究对象，将检测分为全血组和血浆组，使用宏基因组测序（metagenomic next generation sequencing,mNGS）比较Saponin法、Wash法、CD45法和MolYsis法四种预处理方法的病原微生物reads检出数和占比，以评估不同方法的去宿主效率。结果 血流感染病原微生物初始浓度在103CFU/ml以下的微生物检出占比小于0.15%。四种去宿主方法中，Saponin法reads检出数最多，病原微生物检出占比最高，血浆组检测结果占比可提升至18%以上；Wash法及CD45法相比直接提取法病原微生物reads检出数均未显著增加，MolYsis法的reads检出数水平有明显增高。血浆组病原微生物reads检出数多于全血组，去宿主方法可明显提高病原微生物的丰度。结论 对比四种去宿主方法的mNGS检测结果，Saponin法可明显去除宿主核酸，提高病原微生物的reads检出数，尤其血浆组去宿主效果最好。

• 单位
  中国医学科学院阜外医院; 云南省阜外心血管病医院