胃镜下取样肿瘤组织内菌群特征分析

作者：李映春; 殷悦; 鲁大林; 徐欢; 王芳; 郑滟波; 贾兆明; 沈弢^*; 施志农^*

来源：中华微生物学和免疫学杂志, 2022, 42(07): 562-569.

• 胃镜
• 上消化道肿瘤, 肿瘤内菌群
• 普雷沃菌
• 厌氧

目的探究上消化道肿瘤内细菌群落特征。方法研究人群为上消化道肿瘤患者(食道癌、胃癌)。对入组患者进行胃镜检查(n=17)并在肿瘤部位进行取材, 同时取距离肿瘤组织4 cm以上远端的非肿瘤组织作为对照。对样本总DNA进行提取纯化后进行高通量16S DNA基因测序, 应用生物信息学分析肿瘤组织内特有的细菌群落特征及与非肿瘤组织相比细菌群落水平上的差异。结果 16S DNA PCR结果显示肿瘤内的细菌负荷没有发生明显变化。α和β多样性的比较结果显示, 两组的细菌群落组成相似度较高, 组内各样本较为离散, 菌落构成差异性较大, 但整体上两组差异无统计学意义。维恩图展示出肿瘤组织1 358个OTU (operational taxonomic unit), 非肿瘤组织2 068个OTU, 表明肿瘤组织的细菌群落物种丰富度降低。群落组成分析发现普雷沃菌科(属)、乳杆菌科(属)、梭杆菌科(属)在肿瘤组织中富集(丰度平均百分比均超过非肿瘤组织的1倍以上)。进一步对两组样本菌科和菌属丰度前十的细菌进行配对比较显示, 假单胞菌在科(P=0.041)和属(P=0.041)水平上均显示在肿瘤组织中明显减少, 而普雷沃菌在科(P=0.031)和属(P=0.007)水平上在肿瘤组织中均显著富集。结论上消化道肿瘤微环境的细菌群落发生改变, 富集在肿瘤部位的物种主要为口腔常见的厌氧菌如普雷沃菌科(属)、乳杆菌科(属)、梭杆菌科(属), 其中以普雷沃菌科(属)最为显著。

• 单位
  北京大学; 基础医学院; 芜湖市第五人民医院