db/db小鼠糖尿病视网膜病变相关基因表达及通路的生物信息学分析

作者：李倩; 何飞^*; 张然

来源：国际眼科杂志, 2021, 21(05): 770-775.

• 糖尿病视网膜病变
• 通路
• 转录因子
• 基因

目的:通过分析C57BL/KsJ-db/db小鼠的基因表达数据库确定与糖尿病视网膜病变(DR)相关的生物标志物、蛋白质编码基因、转录因子和生物通路。方法:从基因表达综合数据库中选择并获得db/db小鼠GSE55389芯片数据集,鉴定视网膜中差异表达基因(DEGs),采用基因本体(GO)分析、KEGG通路富集分析、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质相互作用(PPI)网络的构建和转录因子(TFs)预测等综合生物信息学分析方法阐明所鉴定基因的生物学功能。结果:db/db小鼠模型病变视网膜中发现38个上调、28个下调DEGs。GO分析表明,下调基因在眼发育功能中较丰富,差异基因没有发现明显的KEGG通路。蛋白质相互作用网络显示DR中有7个hub基因,GSEA分析在P<0.1下发现12条上调和6条下调通路。预测了5种上调和8种下调的转录因子及其结合位点。结论:鉴定DR相关基因及通路有助于了解DR的发展机制,预测部分转录因子如Runx2、Ppara、MafA、Gata2、Hoxa13可能是治疗DR的有效靶标。

• 单位
  基础医学院; 大理大学; 绵阳市中心医院