蛋白质组学研究中的质谱鉴定与生物信息学分析

作者：刘康; 高起飞; 万振昆; 毛婵娟; 张天真

来源：棉花学报, 2008, (04): 281-288.

• 棉花
• 胚珠
• 纤维
• 蛋白质
• 质谱 cotton
• ovule
• fiber
• protein
• mass spectrometry

以陆地棉TM-1开花后6d的胚珠为对照,比较开花后6、10、14、18、22d纤维的蛋白质组双向电泳图谱,从中选取了编号为37的差异表达的蛋白质点。胶内胰蛋白酶酶切的多肽,用AB 4700蛋白质组学分析仪进行MALDI-TOF/TOF分析,获得了该点内蛋白质的高品质肽质量指纹图谱(PMF),从中挑出质量为1517.9的肽离子进行串联质谱分析,获得碰撞后断裂片段离子的串联质谱(FFP)。将获得的PMF分别用MASCOT、ProFound、Aldente和MS-Fit等常用软件对NCBInr和UniProt数据库中的绿色植物蛋白质数据库进行搜索,并用MASCOT搜索本地棉属EST数据库。将获得的F...

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学