三个新疆核桃品种的转录组分析

作者：王文强; 文豪; 金强; 俞文君; 白红进; 吴翠云; 沈立荣^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(05): 1393-1401.

DOI：10.13271/j.mpb.019.001393

• 新疆核桃
• 转录组
• 差异表达基因
• 功能注释

核桃(Juglans regia L.)是新疆的重要经济树种。为研究‘新温81’(W81)、‘新温179’(W179)和‘新萃丰’(X10) 3个新疆核桃品种差异的遗传基础,我们对3种核桃仁的转录组进行了测序和分析。结果表明,所有样本与参考基因组比对后匹配率在93%以上,共有36 812个基因至少在六大数据库(NR, SwissProt, Pfam,COG, GO和KEGG)中一个数据库获得注释,占总基因数目的 84.97%。分组比对显示,W81与X10、W81与W179、W179与X10间分别有1 921、2 058和1 253个差异表达基因。通过GO功能注释显示,3个品种差异基因在生物过程、细胞组分和分子功能3大类别均有分布,且分类结果相似。KEGG代谢通路富集分析表明,W81与W179,W81与X10间的差异基因主要富集在氨基酸代谢、脂肪酸合成与降解等代谢途径,W179与X10间仅在四条代谢途径有差异基因富集。本研究为培育优质核桃品种提供了科学依据。

• 单位
  塔里木大学; 浙江大学