一种快速提取三孢布拉霉基因组的方法

作者：董雪田; 朱恺丽; 曲音波; 杨培龙; 余晓斌; 罗玮^*

来源：食品与生物技术学报, 2021, 40(10): 63-71.

• 基因组提取
• 快速法
• NaOH
• 三孢布拉霉

三孢布拉霉负菌是一种重要的β-胡萝卜素和番茄红素工业生产菌株,由于其基因组提取耗时费力,转化子筛选困难,基因编辑工作严重受阻。作者比较了煮沸法、添加NaOH煮沸法、复合酶液(2 g/dL溶壁酶+3 g/dL纤维素酶+3 g/dL蜗牛酶)酶解法、复合酶液酶解后煮沸法等4种处理方法的效果,发现NaOH为影响三孢布拉霉基因组释放的关键因素;对NaOH浓度、煮沸时间及基因组源的选择(上清液或处理后的菌苔)进行了优化,当NaOH浓度不低于20 mmol/L时,所处理样品的上清液均可扩增出目的基因,煮沸时间对基因组的释放无影响;不同浓度NaOH处理条件下基因组的稳定性实验表明,在所测时间(最长至108 h)内,基因组质量浓度(150～350 ng/μL)与纯度(OD260/OD2801.8～2.0)均较高,且随时间的延长无明显下降趋势;以快速提取法与常规提取法获得的基因组为模板进行PCR,两种方法扩增结果无明显差异,后续对PCR产物的测序与酶切实验证明了NaOH处理不会对后续实验产生影响;最后,从扩增同一菌株不同基因和不同丝状真菌ITS两个方面确定了基因组快速提取方法具有一定的普适性。

• 单位
  微生物技术国家重点实验室; 山东大学; 江南大学; 生物工程学院; 中国农业科学院饲料研究所