TCGA数据库中肝癌相关差异长链非编码RNA筛选和功能预测

作者：孙金旗; 马佳康; 任凯凯; 李南; 李雨濛; 马军^*

来源：胃肠病学和肝病学杂志, 2019, 28(02): 147-153.

• 肝癌
• lncRNA
• ceRNA

目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(fold Change)≥2,P <0. 01。结果在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352. 1、AL359878. 1、AP002478. 1、C2orf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络。结论通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点。

• 单位
  消化疾病研究所; 郑州大学; 郑州大学第二附属医院